一切的開端，冷戰下的危機 冷戰時代。Naked Snake——也就是後來的“BIGBOSS”，為了協助科學家索科洛夫亡命，前往蘇聯。 然而，Snake的師父，被稱為特種部隊之母的士兵“The Boss”背叛，任務失敗。 索科洛夫被GRU的沃爾金上校帶走。 一周後，Snake被命令去營救索科洛夫並抹殺The Boss，再次前往蘇聯——。 在不斷變化的“時代（SCENE）”中，傳說的起點任務將被執行。 金屬齒輪傳奇的起源，圍繞著英雄“BIGBOSS”誕生的宏大巨篇。